1949年8月7日,秭归县城解放,9月成立秭归县人民政府,内设民政、财税、工商、建设四科,卫生隶属民政科管理。1952年8月,正式成立秭归县人民政府卫生科,与1950年建立的秭归县人民政府卫生院合署办公。1955年7月,秭归县人民政府卫生科更名为秭归县人民委员会卫生科,1959年转院建站(县卫生院更名为县人民医院,建立地方病防治站),县卫生科与县人民医院分开办公,办公地点设县人民医院。
1963年,秭归县人民委员会卫生科更名为秭归县卫生局。1968年成立秭归县革命委员会,内设生产指挥组民卫小组管理全县卫生工作。1970年4月,县革委会成立秭归县民卫局,办公地点设老县城朝阳门内。1971年9月,中共秭归县委恢复成立计划生育领导小组办公室(简称计生办)与卫生科合暑办公,计划生育日常工作由卫生部门负责。1972年5月,秭归县革命委员会民卫局更名为民卫科,同年11月又将民卫科分设为民政科和卫生科,办公地点由县民政科(政府大院内)迁至老县城解放街(原县人民医院中医门诊部);1975年,县卫生科设立行政股、政工股、计生办,共有职工11人;1978年,秭归县革命委员会卫生科更名为秭归县革命委员会卫生局。
1981年,秭归县革命委员会取消,建立秭归县人民政府,县革命委员会卫生局更名为秭归县卫生局;局内设行政、人秘、业务、计财股,除害灭病办公室撤销,新设爱国卫生运动委员会办公室(简称爱卫办),计划生育办公室和卫生工会办公室共7个股室,干部职工22人。1981年4月,计划生育领导小组办公室从卫生局分出,成立由县委直接领导的独立办事机构,更名为秭归县人民政府计划生育办公室。1982年,1984年1月,成立秭归县计划生育委员会,为政府工作部门。
1998年8月,为支援三峡工程建设,县卫生局和县计划生育委员会同时随县城整体搬迁从归州迁移到茅坪镇县政府大楼办公。1999年,全县行政机构再次进行改革,县计划生育委员会更名县计划划生育局,2001年2月,更名为人口与计生局,下设六个股室,分别为:办公室、财务审计股、政策法规股、规化统计股、科教宣传股,在职干部15名。县卫生局人员编制由17人减少为15人,内设机构核定为五股一室,即办公室、人事监察股、规财股、医政股、防保股、卫生法制监督股(地方病、爱卫办的日常工作并入防保股),药政管理、红十字会、医药卫生学会、卫协会的工作并入医政股。2001年,药品监督管理职能从卫生局划出,成立秭归县食品药品监督管理局。2003年,县计划生育局更名为县人口和计划生育局。
2014年3月,根据《国务院机构改革和职能转变方案》和省编办《关于组建市县卫生和计划生育部门的通知》精神,经县编委同意,撤销原秭归县卫生局、县人口和计划生育局,设立秭归县卫生和计划生育局,为县政府工作部门。县卫生和计划生育局下设8个职能股室:办公室、人事监察股、规划财务股、医政医管股、公共卫生股、计划生育指导股、计划生育家庭发展股、科技信息宣传股。县卫生计生局下辖县人民医院、县中医院、县疾控中心、县妇幼保健中心、县卫生监督局、县农村合作医疗办公室、县计生服务中心、县流动人口计划生育管理站(计生行政执法大队)和11个乡镇卫生院、1个乡镇计生服务中心等20个二级单位。县卫生和计划生育局行政编制20名,其中:局长1名,副局长4名(1名副局长兼任县深化医药卫生体制制改革领导小组办公室主任)。县计划生育协会、县农村卫生工作者协会挂靠县卫生和计划生育局办公。